Les travaux récents sur les maladies du riz en Afrique

L’augmentation spectaculaire récente des prix du riz a considérablement affecté les pays africains qui dépendent fortement des importations de riz. Subséquemment, plusieurs pays africains ne ménagent aucun effort en vue de développer leur potentiel rizicole largement inexploité en vue de relancer la production locale.

Cependant, l’expansion (la mise en valeur de nouvelles superficies) et l’intensification de la riziculture engendreront de nouveaux défis, y compris les maladies.

Les trois principales maladies qui entravent les efforts d’intensification de la riziculture sont les suivantes : La pyriculariose (due au champignon pathogène Magnaporthe oryzae), le flétrissement bactérien  (causé par Xanthomonas oryzae pv. oryzae) et le virus de la panachure jaune (causé par un Sobemovirus).

Le virus de la panachure jaune (RYMV) a été découvert au Kenya à la fin des années 1960. Il s’agit d’une principale maladie du riz des écologies irriguées et des bas-fonds dans presque tous les pays producteurs de riz en Afrique. Cette maladie cause des pertes de rendement de l’ordre de 25 % –100 % (selon la variété de riz cultivée).

Pendant longtemps, les sélectionneurs ont eu accès à un seul gène de résistance au RYMV (rymv1), bien qu’en quatre versions : une (rymv1-2) que l’on retrouve chez une variété indica (Gigante) originaire du Mozambique et les autres (rymv1-3, rymv1-4 and rymv1-5) chez les landraces d’Oryza glaberrima (TOG5681, TOG 5672  et TOG5674, respectivement).

On retrouve ces gènes O. glaberrima  chez plusieurs variétés de NERICA de bas-fonds. Par conséquent, un second gène de résistance au RYMV a été trouvé chez O. glaberrima (RYMV2).

Malheureusement, il existe des isolats du virus naturellement virulents. Cela signifie que si nous homologuons une variété dotée d’un des gènes de résistance dans une zone à forte prévalence, les virus virulents survivrons et pourront se multiplier, au final nous nous retrouvons donc à la case départ.

Afin de prévenir un tel scénario, la stratégie d’amélioration variétale d’AfricaRice est de combiner deux gènes de résistance  chez des variétés en vue de leur homologation dans les zones à forte prévalence. Ces travaux sont menés en collaboration avec l’Institut de recherche pour le développement (IRD).

De plus, étant donné qu’il a été démontré que l’occurrence des souches virulentes est corrélée à un inoculum important de la maladie, AfricaRice cherche des moyens de réduire la pression de la maladie dans le cadre d’un volet du système de gestion intégré en vue de renforcer la durabilité de la résistance.

Le criblage pour la résistance au RYMV est mené dans une serre à Cotonou, Bénin qui est conçue pour empêcher la maladie de se transmettre à la nature environnante. Le virus est inoculé mécaniquement aux lignées en disjonction (la descendance des croisements non encore fixés), et la maladie suit son court. Outre les symptômes visibles, nous avons à présent accès à trois marqueurs moléculaires pour la résistance au RYMV, qui peuvent être détectés au laboratoire pour montrer la présence ou l’absence du gène (ou gènes) de résistance chez une plante spécifique.

La Pyriculariose affecte le riz (particulièrement de plateau) dans la plupart des régions du monde, infligeant des pertes de rendements de 70–80 % en conditions favorable à la maladie.

Le Flétrissement bactérien (BB) a été découvert en Afrique depuis la fin des années 1970 dans l’écologie irriguée des régions de la savanne et du Sahel. Les pertes en rendement imputées au BB se situent entre 20 et 78 % en Asie du Sud Est et en Inde.  Il existe plusieurs gènes principaux connus de résistance à ces maladies (résistance à la pyriculariose : Pi1, Pi2, Pia; résistance au BB : Xa1, Xa2, …, Xa26), mais ces derniers ne sont pas durables.

Ainsi de nouveaux pathogènes peuvent apparaître et « briser » la résistance conférée par ces gènes. L’objectif du programme d’amélioration variétale d’AfricaRice est de combiner (pyramider) au moins deux de ces gènes de résistance non durables dans  des variétés destinées aux producteurs.

Par ailleurs, certains gènes majeurs qui induisent une résistance durable à la pyriculariose en Asie (p. ex. Pi40) seront testés sous conditions africaine pour déterminer s’ils peuvent être utilisés pour protéger les variétés de riz africaines contre la pyriculariose.

Le laboratoire de phytopathologie travaille en collaboration avec le Centre international de recherche pour les sciences agricole du Japon (JIRCAS) et le projet « Green Super Rice » pour déterminer quels gènes de résistance sont les meilleurs et pour quel type de population de maladie – cela indiquera les meilleurs candidats pour le pyramidage.

Pour les deux maladies, le criblage artificiel de sélection et du matériel introduit sera bientôt mené dans une serre en climat contrôlé (qui devra être fonctionnel à la mi-2012).